Predmet: Statistične metode za visokorazsežne podatke v bioinformatiki

Vrsta predmeta: izbirni
Nosilec predmeta: Izr. prof. dr. Lara Lusa

Študijski program in stopnja Študijska smer Letnik Semester
Uporabna statistika, druga stopnja Vsi moduli 1. ali 2. 1. ali 2.

Za podrobnejšo časovno razporeditev glej predmetnik.

Pogoji za vključitev v delo oz. za opravljanje študijskih obveznosti:

  • Vpis v letnik študija.

Vsebina:

  • Značilnosti raziskav na področju bioinformatike. Statistične posebnosti raziskav z visokorazsežnimi podatki.  Načrtovanje raziskav z visokorazsežnimi podatki. Grafično prikazovanje podatkov. 
  • Identifikacija spremenljivk, ki so statistično značilno povezane z izidom (ponoven nastop bolezni, čas preživetja, itd). Večkratno testiranje: family-wise error rate, false discovery rate; parametrične in neparametrične reštive. 
  • Ocena multivariatne funkcije razvrščanja za napovedovanje izida.  Metode za izbiro spremenljivk, za oceno funkcije razvrščanja in za oceno napovedne natančnosti.
  • Interpretacija rezultatov (razlike med statistično in biološko interpretacijo). 
  • Uporaba statističnega paketa R in Bioconductor.       

Cilji in kompetence:
aziskovanje z mikromrežami (za izraženost genov in mikroRNA, prisotnost enonukleotidnih polimorfizmov (SNPs), spremembe v številu kopij DNA zaporedij (copy number analysis), metilacije, itd) je zelo razširjeno na področju medicine in biologije. Posebnost tovrstnih eksperimentov je v tem, da je spremenljivk tipično več tisoč, medtem ko število vključenih statističnih enot redko presega sto. Zato je potrebno uporabljati statistične metode, ki pravilno obravnavajo probleme v zvezi z visokorazsežnimi podatki. Namen predmeta je usposobiti kandidata za samostojno izpeljavo raziskav na tem področju. Poudarek je na načrtovanju in na statistični analizi podatkov v visokorazsežvnih raziskav.

Predvideni študijski rezultati:
Študent zna načrtovati raziskavo z visokorazsežnimi podatki na področju bioinformatike in zna izbrati in uporabljati primerno metodo za analizo podatkov. Študent zna interpretirati rezultate in pripraviti poročilo, ki vsebuje rezultate.

Kontakt

Glavni kontakt:
e-pošta: info.stat (at) uni-lj.si

Kontakt za administrativna vprašanja (vpis, tehnična vprašanja):
Katarina Erjavec Drešar
Univerza v Ljubljani, Fakulteta za elektrotehniko, Tržaška cesta 25, 1000 Ljubljana.
št. sobe: AN012C-ŠTU
telefon: 01 4768 209
e-pošta: katarina.erjavec-dresar (at) fe.uni-lj.si