Vrsta predmeta: izbirni
Nosilec predmeta: izr. prof. dr. Rok Blagus

Za podrobnejšo časovno razporeditev glej predmetnik.

Pogoji za vključitev v delo oz. za opravljanje študijskih obveznosti:

• Vpis v letnik študija.

Vsebina:

• Značilnosti raziskav na področju bioinformatike. Statistične posebnosti raziskav z visokorazsežnimi podatki.  Načrtovanje raziskav z visokorazsežnimi podatki. Grafično prikazovanje podatkov. 
• Identifikacija spremenljivk, ki so statistično značilno povezane z izidom (ponoven nastop bolezni, čas preživetja, itd). Večkratno testiranje: family-wise error rate, false discovery rate; parametrične in neparametrične reštive. 
• Ocena multivariatne funkcije razvrščanja za napovedovanje izida.  Metode za izbiro spremenljivk, za oceno funkcije razvrščanja in za oceno napovedne natančnosti.
• Interpretacija rezultatov (razlike med statistično in biološko interpretacijo). 
• Uporaba statističnega paketa R in Bioconductor.       

Cilji in kompetence:
aziskovanje z mikromrežami (za izraženost genov in mikroRNA, prisotnost enonukleotidnih polimorfizmov (SNPs), spremembe v številu kopij DNA zaporedij (copy number analysis), metilacije, itd) je zelo razširjeno na področju medicine in biologije. Posebnost tovrstnih eksperimentov je v tem, da je spremenljivk tipično več tisoč, medtem ko število vključenih statističnih enot redko presega sto. Zato je potrebno uporabljati statistične metode, ki pravilno obravnavajo probleme v zvezi z visokorazsežnimi podatki. Namen predmeta je usposobiti kandidata za samostojno izpeljavo raziskav na tem področju. Poudarek je na načrtovanju in na statistični analizi podatkov v visokorazsežvnih raziskav.

Predvideni študijski rezultati:
Študent zna načrtovati raziskavo z visokorazsežnimi podatki na področju bioinformatike in zna izbrati in uporabljati primerno metodo za analizo podatkov. Študent zna interpretirati rezultate in pripraviti poročilo, ki vsebuje rezultate.